窗口办理流程：（一）许可的申请、受理、审查、决定。
1.申请人向仓库所在地主管海关递交申请材料，海关当场或在5个工作日内决定是否受理：对申请材料不齐全或者不符合法定形式的，应当场或者在签收申请材料后5个工作日内一次告知申请人需补正的全部内容；决定受理的，制发《海关行政审批受理单》；决定不予受理的，制发《中华人民共和国XXX海关行政许可申请不予受理通知书》；
2.主管海关受理申请后，于受理之日起20个工作日内审查完毕，填写《海关保税仓库/出口监管仓库审批表》，将初审意见和相关材料报直属海关，必要时主管海关可派员到仓库现场进行验核；
3.直属海关应自收到仓库所在地主管海关报送的审查意见之日起20个工作日内作出决定。批准设立的，制发《中华人民共和国XXX海关准予行政许可决定书（保税仓库项目）》；不予批准的，制发《中华人民共和国XXX海关不予行政许可决定书（保税仓库项目）》；
4.申请人应当自海关出具批准文件之日起1年内向仓库所在地主管海关书面申请对保税仓库的验收，无正当理由逾期未申请验收或者验收不合格的，该许可决定书自动失效；
5.仓库主管海关自接到企业书面申请及随附相关材料之日起10日内进行实地验收，填写《海关保税仓库/出口监管仓库勘验记录表》并将相关材料报直属海关审核。申请验收时的保税仓库应当符合“申请条件”的相关要求；
6.直属海关自收到主管海关报送材料之日起10日内审核完毕，必要时可会同仓库主管地海关进行实地核实。对验收合格的仓库，直属海关核发《保税仓库注册登记证书》，批准开展相关业务。对验收不合格的，海关应书面告知申请人；
7.直属海关应按照行政许可要求出具批准文件，由仓库主管海关将批准文件转交到企业。
（二）许可的变更。
保税仓库需变更名称、地址、仓储面积等事项的，企业应向仓库所在地主管海关提交相关资料，由仓库所在地主管海关受理，报直属海关审批。
对其中变更仓库地址、仓储面积的，海关应根据企业申请，在批准变更1年内、新库址开展业务前，按规定进行重新验收。海关认为必要时应下库核实变更事项。
企业申请变更单证齐全、有效，且仓库地址、面（容）积、库位等变更后仍达到保税仓库应具备条件的，主管海关应填制《海关保税仓库/出口监管仓库审批表》，并随附企业申请资料报送直属海关审批。直属海关审核准予变更的，应予以批注，并将有关材料交仓库主管海关留存。保税仓库注册变更后，仓库主管海关告知企业。
（三）许可的延续。
《海关保税仓库注册登记证书》的有效期为3年。
仓库经营企业申请延续的，应在注册登记证书有效期届满30个工作日前向仓库主管海关提交相关资料。
海关应当在注册登记许可有效期届满前作出是否准予延续的决定：仓库主管海关在收到申请后填写《海关出口监管仓库/保税仓库审批表》，并于15个工作日内将审核意见报直属海关，直属海关在15个工作日内作出是否准予延续的决定。直属海关审核准予延续的，应予以批注，并将有关材料交仓库主管海关留存。
（四）许可的注销。
保税仓库终止保税仓储业务的，由保税仓库经营企业提出书面申请，经海关审核后，交回《保税仓库注册登记证书》，并办理注销手续。
仓库主管海关核实保税仓库无库存货物及其他遗留问题后，应填制《海关保税仓库/出口监管仓库审批表》，并随附企业相关材料报直属海关审批。直属海关审核准予注销的，应予以批注，并将有关材料交仓库主管海关留存。